Приказом Государственного комитета Российской Федерации по высшему образованию от 5 июля 1993 года за №55 «О переименовании государственных высших учебных заведений» Благовещенский сельскохозяйственный институт переименован в Дальневосточный государственный аграрный университет.
Становление вуза в качестве университета проходило в тяжелых условиях реформирования России. Коллектив университета не только преодолел трудности этих лет, но и приложил все усилия к развитию учебного заведения, превращению его в ведущую структуру аграрного образования и науки на Дальнем Востоке.
В 1990-е годы продолжается ввод в строй новых учебных объектов. Завершается строительство корпусов технологического института, военного факультета, общежития для преподавателей и сотрудников на 120 семей. Все эти работы выполнялись за счет собственных средств, заработанных вузом.
Сегодня в университете 25 учебных корпусов и 7 общежитий, библиотека, 3 музея, учебный комбинат общественного питания, мастерские, площадка для учебного вождения, учебно-опытное поле, виварий, спортивно-оздоровительный центр, создающие благоприятные условия для успешной учебы и научной работы.
Университет постоянно актуализирует перечень специальностей, по которым ведется подготовка студентов, обеспечивая конкурентоспособность своих выпускников на рынке труда. Если в 1993 году в его стенах велось обучение по 19 специальностям, то за период 1994-1999 годов были открыты еще 11 специальностей высшего профессионального образования. С 2011 года вуз полностью перешел на уровневую систему обучения – бакалавриат и магистратура. Сегодня в Дальневосточном ГАУ проводится подготовка по более чем 20 направлениям бакалавриата и более 10 направлениям магистратуры. В 2018 году, в целях удовлетворения потребности агропромышленного комплекса региона в специалистах среднего профессионального звена, создан факультет среднего профессионального образования, осуществляющий обучение по 12 образовательным программам.
В начале нового столетия идет динамичное развитие университета. В 2000 году организован филиал в городе Биробиджане Еврейской автономной области. В 2001 году создан институт леса. В 2003-м, в результате объединения факультетов заочного обучения и повышения квалификации, образован Институт повышения квалификации. В этом же году начинает работу Центр информационных технологий, помогающий вузу быть в ногу со временем. Для организации внеучебной деятельности со студентами создан отдел по воспитательной работе. Основными задачами его являются: пропаганда здорового образа жизни, адаптация первокурсников к новым условиям жизни и учебы, социально-психологическая помощь студентам, гражданско-патриотическое воспитание, художественное самодеятельное творчество.
С целью консолидации ведущих предприятий сельского хозяйства, переработки, агросервиса, образования и науки Амурской области на базе университета в 2003 году образована Ассоциация «Дальневосточный аграрный университетский комплекс» (ДальАУК). Это способствовало улучшению профессиональной подготовки студентов, а также проведению научных исследований и внедрению их результатов в производство.
В 2004 году создан Центр содействия трудоустройству студентов и выпускников. Для оказания всесторонней помощи вузу в решении актуальных задач развития образован Попечительский совет университета.
Особое внимание в вузе уделяется получению студентами практических навыков. Для этого созданы на производстве 77 филиалов кафедр и шесть базовых центров университета, к проведению лекций и практик привлекаются специалисты-производственники. Приобрести профессиональный опыт помогают создаваемые в университете студенческие специализированные отряды.
Университетский период вуза отмечен расширением международных связей. В рамках сотрудничества организуются стажировки преподавателей, прохождение практики студентами, происходит обмен достижениями, проводятся учебно-методические и научные конференции. С 2003 года в университете обучаются граждане КНР, работает Международный центр Дальневосточного ГАУ.
Для формирования будущего контингента обучающихся в 2007 году создается факультет довузовского образования. Он проводит комплекс мер содействия абитуриентам в профессиональном самоопределении. Особое внимание уделяется профориентационной работе с сельскими школьниками, ведется их профильная подготовка в системе «школа-вуз» в созданных в районах области агротехнологических классах. Факультет организует работу подготовительных курсов к сдаче ЕГЭ, ОГЭ и вступительных испытаний, годичных подготовительных курсов для иностранных граждан, является основным звеном в работе приемной комиссии университета.
В 2009 году в вузе создан Региональный центр дополнительного профессионального образования и консультирования, который реализует программы повышения квалификации и профессиональной переподготовки кадров, оказывает информационно-консультативную помощь сельскохозяйственным товаропроизводителям.
Научно-исследовательская деятельность вуза охватывает все сферы агропромышленного комплекса Дальневосточного региона. В перечень приоритетных направлений исследований ученых входят селекция зерновых и плодово-ягодных культур; ветеринарное благополучие; научно-практическое обоснование технологии кормления сельскохозяйственных животных применительно к природно-климатическим условиям Приамурья; совершенствование организационно-экономического механизма функционирования АПК; разработка и внедрение инновационных технологий и технических средств в сельскохозяйственном производстве и перерабатывающей промышленности.
С 2007 года в университете издается научно-практический журнал «Дальневосточный аграрный вестник». На его страницах освящаются достижения аграрной науки и передового опыта, состояние и перспективы развития АПК Дальнего Востока и аграрного образования. В 2015 году журнал включен в Перечень рецензируемых научных изданий ВАК России.
Сегодня Дальневосточный государственный аграрный университет представляет собой современную модель вуза. Качественное образование, научные исследования и связь с производством – вот три кита, на которых основывается успех университета.